Ich denke das wird aber auch von dem verwendeten Sync Client abhängen. Wenn der nicht erkennt dass es die gleiche Datei mit geändertem Namen ist, dann wird es wohl beim Löschen und erneut hochladen der Datei bleiben.
Müssen alle aktualisiert werden. Tresore mit Format 7 können nicht mit Cryptomator 1.4x geöffnet werden.