Ich kenn mich nicht gut genug mit cyberduck aus und kann nicht sicher sagen ob sich ein Auto Sync einrichten lässt. Die App kann man ja automatisch starten lassen. Evtl kann man auch einen Sync automatisch starten lassen.
Ich kenne ebenfalls keine sonstige drittanbieter software die mit Cryptomator Tresoren umgehen kann.
Außer das von Dir bereits genannte Mountain Duck, über das sich ebenfalls ein automatischer Sync einrichten lassen sollte.
Tresor Mounten als Laufwerk, Sync starten (z.b. Mit PersonalBackup als Sync Client)
Hab ich selbst noch nicht ausprobiert da ich kein Mountainduck nutze, sehe aber gute Chancen dass das klappen könnte.