Ich habe es schon in einem anderen Thread geschrieben, aber auch hier nochmal:
Man muss zwischen der Pfadlänge und der Dateinamenlänge (evtl. auch Pfadkomponentenlänge) unterscheiden. Wer Lust hat kann für Windows etwas in der Microsoft Doku lesen.
Das Limit bezieht sich auf Dateinamen. Würde es sich auf Pfade beziehen, dann würde es auch “PathLengthLimit” heißen 
Wenn dein Dateisystem nur 260 unterstützt, sollte es bei längeren Pfaden auch eine Fehlermeldung ausgeben, was auch Cryptomator erkennen würde. Aber anscheinend unterstützt eine andere Sache in deinem Aufbau keine 260 Zeichen.
Alles weitere kann man hier lesen: Error during updating vault (Cryptomator 1.5.3) - #7 by infeo