Das klingt nach eine Synchronisationsproblem. Es kann sein, dass der Sync-Client von deinem Cloud-Provider das Tresordatenwurzelverzeichnis nicht richtig synchronisiert oder aufgrund eines Konfliktes umbenannt hatte. Cryptomator kann diesen Konflikt nicht erkennen und nimmt deshalb wegen des fehlenden Verzeichnisses an, der Tresor ist noch nicht initialisiert und erstellt ein neues Wurzelverzeichnis.
Um das zu testen, kannst du das Vorgehen aus dem Thread Sudden loss Data - #3 by infeo ausprobieren. Damit bekommst du den verschlüsselten Namen des Wurzelverzeichnisses und kannst nachschauen, ob bereits ein ähnliches existiert.