“Es wurde eine laufende Instanz von Cryptomator gefunden, die zur Aktualisierung markierte Dateien verwendet. Bitte schließen Sie es, um fortzufahren.” Es läuft aber keine Anwendung!?
Wenn der Cryptomator-Installer das sagt, dann läuft auch die Cryptomator App. 
Die App läuft vielleicht nur im Tray-Bereich, d.h. dort muss sie beendet werden. Oder die App läuft über einen anderen Nutzer. Du kannst über den Window Task Manager feststellen, ob Cryptomator läuft oder nicht.