Korrekt. Das sind Deine verschlüsselten Daten und wenn du die im Browser sehen kannst dann funktioniert auch die Synchronisation.
Wenn du keine Kopie lokal (unverschlüsselt) behalten willst, dann musst Du die Dateien verschieben.
ACHTUNG: Bitte unbedingt an Backups denken. Irgendwo solltest du Kopien gespeichert haben. Das hat nichts mit Cryptomator zu tun, sondern ist ein Grundsatz.
Naja, das kann dir keiner sagen. Das musst Du schon selbst entscheiden ob Du Deine Dateien in den Tresor verschieben oder kopieren möchtest 
Dem Tresor ist das egal.
Und nochmal: bitte bitte Backups machen. Wenn du warum auch immer Deine verschlüsselten Dateien löscht, dann sind die weg. Und zwar endgültig. Gleiches gilt natürlich auch in jedem anderen Desaster Fall (Festplatte kaput, etc).