Jein. Ohne weitere Tools geht das nicht, da Cryptomator den Tresor local benötigt. Du kannst aber z.B. mit Cyberduck auf Deine verschlüsselten Cloud Daten zugreifen, da Cyberduck diese ver/entschlüsseln kann. die Cryptomator Source ist in Cyberduck integriert.
könntest du, wenn Du den Tresor nicht mehr lokal mit cryptomator öffnen willst. Allerdings erscheint mir das ein wenig umständlich. Wenn Du Daten ausschließlich (verschlüsselt) online speichern willst und keine Kopie lokal behalten willst, dann empfehle ich anstelle von Cryptomator das oben genannte Cyberduck zu verwenden. Dann kannst du Dir auch den rclone sync sparen, da die einzelnen (!) Files in einem Vorgang verschlüsselt und hochgeladen werden, während in deinem Szenario ein File erst lokal verschlüsselt und danach der ganze (!) Tresor hochgeladen wird.
Auch das geht, sofern der ganze (!) Tresor heruntergeladen und in Cryptomator eingehängt wurde. Aber auch hier machst du Dir es meiner Meinung nach zu kompliziert, und solltest Cyberduck in Erwägung ziehen.
Mein Tip daher: Wenn dich lokale Dateien stören, Du aber trotzdem einzelne Files online ablegen und einsehen möchtest, dann nimm Cyberduck.