Hallo Michael,
vielen Dank für deine Antwort. Ich habe damit begonnen, auf Version 1.7 zu updaten. Danach konnte ich den Tresor gar nicht mehr öffnen. Ich habe daraufhin die Integritätsprüfung gestartet, was unzählige Warnungen zur Folge hatte. Über die Reparaturfunktion konnten diese (fast) alle abgearbeitet werden. Im Anschluss funktionierte alles wieder, die eingangs beschriebenen doppelten Ordner waren ebenfalls verschwunden.
Mein Problem ist also für mich gelöst, wenn ich auch immer noch nicht verstanden habe, was da los war.
Vielen Dank!