Hallo.
Das ist ein bekanntes Problem von Windows WebDAV, auf das cryptomator leider keinen Einfluss nehmen kann.
In kurz: ein Windows WebDAV Laufwerk nimmt als verfügbare Größe immer die systempartition an.
In lang: Virtual drive shows capacity of system partition (C:)
Mit der Version 1.4 werden Alternativen zu Windows WebDAV angeboten, und zwar FUSE und Dockany.
Derzeit ist die 1.4.0-beta2 verfügbar die du gerne testen kannst.
(Hinweis: Beta! Bitte nicht ohne Sicherheitskopien arbeiten)