Wilkommen in der Cryptomator Community 
Das kann eigentlich nur bei sehr kleinen Tresoren mit vielen kleinen Verzeichnissen der Fall sein.
Was meinst du mit “Datenmenge” ?
Man kann den belegten Speicher betrachten oder die Anzahl der Dateien.
Belegter Speicher
Wenn es um den belegten Speicherplatz geht, dann ist jede Datei im verschlüsselten Zustand ca 0,14% größer als das Original (siehe How much larger are encrypted files? - #3 by tobihagemann). Zusätzlich wird für jedes Verzeichnis oder Symlink ein weiteres Verzeichnis und eine Datei mit einer Größe von 1KB angelegt (nachzulesen in der Dokumentation).
Anzahl der synchronisierten Dateien
Wenn du die Anzahl der zu synchronisierenden Dateien meinst, dann kann es beim Erstellen oder Löschen von vielen Verzeichnissen (Unterverzeichnisse werden nicht mitgerechnet) zu einer Verdreifachung der betrachteten Dateien kommen (das eigentliche Datenverzeichnis, die Verzeichnislinkdatei und deren Ordner). Bei einem Verschieben kommt es zu einer Verdoppelung. Bei Änderungen einer Datei ist es ein 1:1 Verhältnis (naja fast, da kommts dann auf den Dateinamenlänge an).
Soweit so schön, um auf deine Frage zurückzukehren: Wenn du die Anzahl der veränderten Dateien meinst, ist eine Verdopplung möglich, wenn du viele Verzeichnisse bearbeitets (d.h. diese verschiebst, erstellst oder löschst) oder du Dateien mit sehr langen Namen betrachtest. Und ja, das liegt dann an der veränderten Verzeichnistruktur.
Nein, man kann es nicht abschalten. Aber dadurch wäre Cryptomator nur datensparsamer, wenn ansonsten in der Summe Dateiänderungen im Größenbereich von Kilobytes(!) gemacht werden.
Unerwartet hohe Sync-Aktivität kann viele Gründe haben, aber aus meiner Sicht ist Cryptomator keiner davon. Die Daten werden verschlüsselt und werdend dabei höchstens um 0,15% größer, und das wars. Verändert man die Verzeichnisstruktur innerhalb seines Tresors, gibt es einen Overhead bei der Anzahl der Dateien, aber die Datenmenge ist für heutige Verhältnisse faktisch gleich.
Ein anderer Grund für erhöhte Sync-Aktivität können versteckte oder temporäre Dateien sein. Viele Programme nutzen sie, und manche räumen sie nicht auf. Auch das Kompilieren von Quellcode ist eine mögliche Ursache.