Bzgl. des Admin-Problems gab es bereits Meldungen, sowohl für Dokany (Drive not mounted for UAC Admin) als auch WebDAV (Cannot access Cryptomator mounted drive as real drive).
Bzgl Dokany ist meine Vermutung ebenfalls, dass ein Benutzter mit höheren Rechten eben nicht der gleiche Benutzter ist und somit wegen der Verwendung von CURRENT_SESSION in Dokany eben ausgesperrt wird. Diese Problematik kann eventuell gelöst werden, jedoch muss die im dazugehörigen Gituhub-Issue geforderte Funktionalität implementiert werden.