Hallo.
Meine Meinung zu Deinen Fragen (in Sachen Virus-Schutz gibt es bekanntlich sehr viele Meinungen)
Warum nicht? irgendwelche Fehlermeldungen? Am Ede ist das eine ganz normale Datei die Du überall hin kopieren können solltest.
Es kann immer und mit jedem Virenprogramm vorkommen, dass Dateien fälschlicher Weise als Gefahr eingestuft werden, genauso wie es immer sein kann dass sie Gefahren nicht erkennen. Als ich noch Bitdefender nutzte hat oft schon eine “doppelte” Dateiendung ausgereicht für eine Warnung (z.B. “dokumente.pdf.zip”)
Avira ist (zumindest laut Meinung von https://www.av-test.org/ und anderen) nicht per se “schlecht”, im Gegenteil. Nur sind die halt auf die Idee gekommen Kohle mit den Userdaten über eine Tochterfirma zu machen. (was wieder einmal bestätigt: nichts ist wirklich “umsonst” im Netz, aber das ist ein anderes Thema). Deswegen muss aber die Virus-Erkennung nicht schlechter sein. Ich persönlich habe irgendwann allen Drittanbietern den Rücken gekehrt und bin beim Windows eigenen Defender geblieben. Am Ende ist das einfach eine “Glaubens/Vertrauens-Angelegenheit”
Das ist korrekt. Nachdem die von Dir genannte Cryptomator Tresor Datei gelöscht wurde, sollte Dir auf jeden Fall auch eine (unverschlüsselte) Datei im Tresor nicht mehr angezeigt werden. Und im Logfile sollte eine Meldung zu finden sein (glaube ich 
)
Es gibt unzählige Seiten im Netz die darlegen warum AES256 aktuell faktisch als “nicht knackbar” beschreiben. Mir persönlich gefällt dieses Video (englisch), da es sehr anschaulich ist. Und falls Du jetzt denkst: “Und was ist wenn jemand mein Passwort erraten will (bruteforce)?” @overheadhunter hat das in diesem Beitrag mal hochgerechnet wie viel Ressourcen man wohl dafür benötigt.
Ich hatte bisher das Vergnügen mit Norton (kostenpflichtig), Kasperski (free), Bitlocker (in meiner damaligen Windows Lizenz enthalten), Bitdefender (free), Sophos (kostenpflichtig) und natürlich dem Windows Defender.
Bei letzterem bin ich hängen geblieben nachdem er deutlich in der Erkennungsrate nachgelegt hatte und unter den Top10 eingestiegen ist. Der Schutz unter Windows 10 ist meiner Meinung nach völlig ausreichend mittlerweile (Vorsicht! Das ist nur meine Meinung, keine Empfehlung )