Verzeichnis querverbunden?

Ich verwende den Cryptomator schon einige Jahre (vermeintlich) problemlos.
Nun stelle ich fest, daß diverse Verzeichnisinhalte doppelt vorhanden sind und andere fehlen. Also in Verzeichnis B sind ebenfalls die Dateien aus Verzeichnis A. Die Dateien aus B sind ‘weg’. Lösche ich eine Datei in B, fehlt sie auch in A. Lösche ich die Verzeichnisse, so kann ich sie nicht neu anlegen, da angeblich schon vorhanden. Die Verzeichnisstruktur scheint hinüber zu sein.
Gerne würde ich diese Technik weiter verwenden, aber ist das natürlich nicht zu gebrauchen. Hat jmd ähnliche Erfahrungen, bzw. einen Tipp wie dies verhindert werden kann? Ich bin derweil auf der Suche nach einer zuverlässigen Alternative.

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